Détails sur l'offre

(Stage) Abondance et densités de chats harets : vers une détection et une reconnaissance automatisées

Encadrant principal :
Nom Prénom : Dr. Chabrier Sébastien
Corps et grade : Maître de conférence en Informatique
N° de téléphone direct : +689 40 803 805 (UTC-10)
Adresse électronique : sebastien.chabrier@upf.pf
Co-encadrants et partenaires:
Nom Prénom : Dr. Palmas Pauline
Corps et grade : Docteur en Biologie des Populations et Ecologie
Adresse électronique : pauline.palmas@ird.fr
Contexte général du projet
L’utilisation des pièges photographiques dans l’optique d’estimer des densités de mammifères
connait un véritable essor ces dernières années et leur utilisation se révèle assez efficace pour les
espèces difficiles à̀ observer. L’acquisition de données concernant la distribution des chats harets,
prédateur invasif, et les abondances de ses populations repose sur la mise en œuvre d'un
important jeu de pièges-photos automatisés. Ce dispositif génère un important jeu de données
photos qui nécessitent d’être triées, avec plusieurs niveaux de sélection (présence/absence d’un
chat, chat identifiable individuellement, individu identifié). A ce jour les différentes étapes du tri sont
intégralement réalisées manuellement. Ainsi nous disposons de plusieurs importants jeux de
données provenant de différents sites et qui ont fait l’objet d’un tri abouti (7 sites, plus de 250 000
photos).
Afin de faciliter le travail de traitement de ces données, et d’être plus impartial sur le tri, nous
souhaitons automatiser ce traitement et reproduire l’étape de reconnaissance de l’individu (chat
haret) qui est actuellement réalisée par des experts.
Voici quelques liens pour approfondir le sujet :
https://www.tahiti-infos.com/La-presence-de-chats-harets-est-supposee-sera-t-elleconfirmee_a172275.html
http://www.cnrt.nc/wp-content/uploads/2017/09/Palmas_etal_2017_BiolCons_Feral-cat-diet-NC.pdf
https://www.youtube.com/watch?v=U8CWvtv3Rdc
https://www.youtube.com/watch?v=xd2zgqOR5UU

Cahier des charges
Le travail d’automatisation demandé durant ce stage est décliné en plusieurs sous objectifs :
• Réalisation d’un état de l’art des méthodes et outils mathématiques de description,
détection et reconnaissance d’objets (par exemple : Zernike, Fourrier-Mellin, SIFT, ANN,
Deep Learning, SVM, …)
• Choix et implémentation d’une méthode de détection avec les outils nécessaires dans le
cadre de la détection de la présence de chat haret (espèce), puis validation sur le jeu de
250 000 photos triées mises à disposition : attention, présence de photos infrarouge et à la
lumière noire, de nuit ainsi que de photos avec du mouvement à traiter aussi.
• Choix et implémentation d’une méthode d’apprentissage et de reconnaissance de la face
de l’animal.
• Choix et implémentation d’une méthode d’apprentissage et de reconnaissance des
caractéristiques morphologiques suffisantes pour la reconnaissance individuelle (morphe).
• Choix et implémentation d’une méthode d’apprentissage et de reconnaissance individuelle
sur les motifs du pelage (individu).
Les méthodologies, et algorithmes développés pourront être utilisés pour différentes études
portant sur ce modèle biologique, mais pourront aussi faire l’objet d’une généralisation ou
d’adaptations spécifiques afin d’être utilisables dans d’autres contextes (rongeurs, cochons
sauvages, chiens, oiseaux…).
Les outils à utiliser sont laissés libres, l’étudiant ayant à sa disposition pour le stage une machine
sous Linux et sous Windows 10, accès à Matlab (avec les toolbox image, machine learning, …),
OpenCV, des Compilateurs C++, Fortran, JAVA, … ainsi qu’un accès à une machine virtuelle sur
un serveur de calcul.
Informations complémentaires :
 Date de début du stage : début 2020 (Janvier, Février ou Mars)
 Durée du stage : 5 mois
 Volume horaire hebdomadaire: 35h
 Gratification mensuelle brute: 577,50€ (= 68 914FCP)
 Adresser les candidatures à cette adresse : sebastien.chabrier@upf.pf
 Lieu du stage : au laboratoire GePaSud sur le campus de l’UPF.
 Possibilité de billet d’avion aller/retour pris en charge si dossier accepté et convention de
stage complète retournée au plus tard fin novembre 2019.

Recruteur : Chabrier Sébastien UPF

Poste

Service d'affectation : Laboratoire GePaSud, dans les locaux de l'Observatoire Géodésique de Tahiti

Lieu d'affectation : Laboratoire GePaSud, dans les locaux de l'Observatoire Géodésique de Tahiti

Date de début :

Temps : Plein

Profil Recherché

Domaine(s) de formation : / Informatique /

Niveau d'études : BAC+5 - Master

Permis : Non

Véhicule : Non

Pour postuler

Transmettre : CV / Lettre de Motivation

Candidature à adresser à : Chabrier Sébastien

Email : sebastien.chabrier@upf.pf

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